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伯樂(Bio-Rad)CFX Duet實時熒光定量PCR儀的性能驗證,通常包括以下幾個核心部分。這些驗證旨在確保儀器運行狀態(tài)良好,數(shù)據(jù)準(zhǔn)確可靠,符合實驗室質(zhì)量管理要求。驗證可以分為安裝/維修后的IQ/OQ驗證和日常/周期性性能監(jiān)控兩部分。
一、伯樂CFX Duet實時熒光定量PCR儀安裝/運行確認(rèn)
這部分通常由工程師執(zhí)行,并提供報告,但用戶需知曉內(nèi)容。
1、安裝確認(rèn):檢查儀器部件是否齊全、安裝環(huán)境(電源、空間、溫濕度)是否符合要求、軟件安裝等。
2、運行確認(rèn):通過運行一系列標(biāo)準(zhǔn)測試來驗證儀器的關(guān)鍵性能指標(biāo)。
(1)光學(xué)檢測:使用熒光染料板(如ROX、FAM等)檢查所有激發(fā)/檢測通道是否正常工作,背景噪音是否在允許范圍內(nèi)。
(2)溫度梯度驗證:
加熱/冷卻速率:驗證儀器升降溫速度是否符合規(guī)格。
溫度準(zhǔn)確性與均一性:使用經(jīng)校準(zhǔn)的外部溫度探測儀(如Fluke溫度探頭)驗證儀器顯示溫度與實際溫度的偏差(準(zhǔn)確性),以及樣品孔之間的溫度差異(均一性)。這是PCR結(jié)果可重復(fù)性的關(guān)鍵。
梯度功能驗證:如果驗證梯度PCR功能,需確認(rèn)梯度設(shè)置溫度與實際溫度的一致性。
(3)硬件功能測試:檢查熱蓋壓力、lid加熱溫度準(zhǔn)確性、軟件與硬件通訊等。
二、伯樂CFX Duet實時熒光定量PCR系統(tǒng)用戶日常/周期性性能驗證
這是實驗室用戶需要定期(如每季度、每半年或根據(jù)實驗室SOP)執(zhí)行的核心驗證。
1、精密度(重復(fù)性)驗證
(1)目的:評估儀器在相同條件下多次運行的變異程度。
(2)方法:
使用已知濃度和序列的DNA/cDNA模板(通常是一個穩(wěn)定表達(dá)的看家基因,如GAPDH),進(jìn)行系列稀釋(如10倍梯度稀釋,覆蓋高、中、低濃度)。
將同一樣品(通常選擇中等濃度)加入到整塊板的多個復(fù)孔中(如至少8-10個復(fù)孔,或覆蓋板的不同區(qū)域)。運行標(biāo)準(zhǔn)的qPCR程序。
(3)可接受標(biāo)準(zhǔn):
Ct值的標(biāo)準(zhǔn)差(SD)和變異系數(shù)(CV%):通常要求復(fù)孔間Ct值的CV < 1-2%(高濃度樣品應(yīng)更小,如<0.5%)。
擴增曲線形狀應(yīng)高度一致。
2、準(zhǔn)確度與線性范圍驗證
(1)目的:驗證儀器檢測結(jié)果與真實值的一致性,以及在一個濃度范圍內(nèi)響應(yīng)的線性關(guān)系。
(2)方法:
使用上述制備的系列梯度稀釋模板(如5-6個數(shù)量級),每個濃度設(shè)3個復(fù)孔。
運行qPCR。
(3)可接受標(biāo)準(zhǔn):
標(biāo)準(zhǔn)曲線的線性:計算標(biāo)準(zhǔn)曲線的決定系數(shù)(R2)。通常要求 R2 ≥ 0.990(理想情況 ≥ 0.998)。
擴增效率:根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線斜率計算,公式為 Efficiency (%) = [10^(-1/斜率) - 1] × 100%??山邮芊秶ǔ?90% - 110%(對應(yīng)斜率 -3.58 到 -3.10)。效率接近100%表明儀器檢測準(zhǔn)確。
3、靈敏度(檢測限)驗證
(1)目的:確認(rèn)儀器能夠穩(wěn)定檢測到的低模板量。
(2)方法:使用極低濃度的模板(接近預(yù)期的檢測下限)進(jìn)行多次重復(fù)檢測(如20次重復(fù))。
(3)可接受標(biāo)準(zhǔn):檢測到陽性信號的重復(fù)數(shù)占總數(shù)的比例(檢出率)應(yīng)達(dá)到預(yù)設(shè)要求(如 ≥95%)。同時,低濃度樣品的擴增曲線應(yīng)清晰可辨,Ct值相對穩(wěn)定。
4、通道間干擾驗證(針對多色檢測)
(1)目的:驗證多熒光通道同時檢測時,彼此之間是否存在光譜串?dāng)_。
(2)方法:
準(zhǔn)備僅含單一熒光染料(如FAM、HEX/VIC、ROX/Cy5等)的樣品,分別用所有可能接收的通道進(jìn)行檢測。
例如,將純FAM樣品在FAM通道(主要檢測通道)和HEX通道(可能串?dāng)_通道)下讀取信號。
(3)可接受標(biāo)準(zhǔn):在非指定通道檢測到的信號(串?dāng)_)應(yīng)低于主通道信號的某個百分比(例如 < 1%),或低于設(shè)定的閾值。
三、簡化版日常監(jiān)控建議
1、制備一批分裝好的驗證用DNA和預(yù)混板,長期凍存。
2、定期(如每月)取出一份,在CFX Duet上運行。
3、只需評估關(guān)鍵參數(shù):復(fù)孔Ct的CV%、標(biāo)準(zhǔn)曲線的R2和擴增效率、熔解曲線峰型。
4、與歷史數(shù)據(jù)或基線數(shù)據(jù)進(jìn)行比較,監(jiān)控儀器性能的長期漂移。
總結(jié):伯樂CFX Duet qPCR儀的性能驗證是一個系統(tǒng)過程,核心在于精密度、準(zhǔn)確度/線性、靈敏度和特異性。定期執(zhí)行這些驗證是保證您的qPCR實驗結(jié)果科學(xué)、可靠的基礎(chǔ)。建議參考儀器用戶手冊并結(jié)合實驗室自身的質(zhì)量控制程序(SOP) 來制定詳細(xì)的驗證方案和可接受標(biāo)準(zhǔn)。