伯樂（Bio-Rad）的T100是一款非常經(jīng)典和可靠的梯度PCR儀，其熱蓋設(shè)計使得它能夠兼容多種類型的PCR管和板，因此在染料的選擇上非常靈活?？偟膩碚f，用于T100 PCR儀的染料可以分為兩大類：

一、伯樂T100PCR儀實時熒光定量PCR染料

這類染料在反應(yīng)過程中與DNA結(jié)合并發(fā)出熒光，通過儀器實時監(jiān)測熒光信號來對DNA進行定量。T100本身是普通PCR儀，不能做qPCR。但如果您是為后續(xù)在qPCR儀上進行檢測而準備樣品，那么您會在T100上進行qPCR反應(yīng)的“擴增"步驟。常用的染料/探針包括：

1、SYBR Green I

原理：一種常用的DNA結(jié)合染料，可嵌入DNA雙鏈的小溝中，結(jié)合后熒光信號大大增強。

優(yōu)點：成本低，使用方便，無需設(shè)計探針，適用于多種實驗。

缺點：特異性稍差，會與任何雙鏈DNA（包括引物二聚體）結(jié)合，可能導(dǎo)致假陽性。需要通過熔解曲線分析來確認產(chǎn)物的特異性。

2、TaqMan 探針

原理：一種序列特異性的寡核苷酸探針，兩端分別標記有報告熒光基團和淬滅基團。當PCR擴增發(fā)生時，Taq酶的5‘→3’外切酶活性會降解探針，使報告基團與淬滅基團分離，從而發(fā)出熒光。

優(yōu)點：特異性高，因為只有目的片段被擴增時才會產(chǎn)生熒光信號。

缺點：需要針對每個靶序列設(shè)計并合成特異的探針，成本較高。

3、EvaGreen

原理：與SYBR Green I類似，也是一種結(jié)合雙鏈DNA的染料。

優(yōu)點：熒光信號更強，穩(wěn)定性更好，對PCR的抑制性比SYBR Green I小，尤其適合高分辨率熔解曲線分析。

缺點：成本通常比SYBR Green I略高。

二、伯樂T100PCR儀終點法PCR檢測染料

這類染料用于在PCR反應(yīng)結(jié)束后，通過瓊脂糖凝膠電泳來檢測擴增產(chǎn)物。您需要將染料與PCR產(chǎn)物混合，然后上樣跑膠。

1、GelRed / GelGreen

優(yōu)點：是目前安全、敏感的核酸凝膠染料之一，其誘變毒性遠低于傳統(tǒng)的EB（溴化乙錠）。熒光信號強，背景低。

使用方式：可以添加到熔化的瓊脂糖凝膠中，或者在電泳前與PCR產(chǎn)物直接混合。

2、SYBR Safe

優(yōu)點：由賽默飛公司推出，被宣傳為一種安全的EB替代品。在藍光或紫外光下均可激發(fā)。

使用方式：同GelRed。

3、溴化乙錠

注意：EB是一種強誘變劑，有潛在的健康風險，目前不推薦使用。盡管它非常便宜且檢測效果穩(wěn)定，但出于安全考慮，實驗室已普遍用上述 safer dyes 替代。

4、常規(guī)DNA上樣緩沖液

通常含有溴酚藍和/或二甲苯青作為指示劑，以及甘油來增加樣品密度。它們本身不是DNA染料，但必須與上述DNA染料配合使用，以便于上樣和監(jiān)控電泳進程。

三、實用建議：

1、如果您做的是普通PCR，跑膠看結(jié)果：請選擇 GelRed 或 GelGreen。它們安全、效果好，是現(xiàn)在的黃金標準。

2、如果您是為qPCR準備樣品：請根據(jù)您的實驗設(shè)計、預(yù)算和對特異性的要求，在預(yù)混液中選擇 SYBR Green 或 TaqMan Probe 體系。伯樂T100可以地運行這些qPCR預(yù)混液中的擴增程序。

重要提示：無論使用哪種染料，請務(wù)必遵循您所購買的預(yù)混液或染料說明書上的推薦PCR程序和建議的染料濃度。